ومن ضمن المخاطر أيضا ان تصبح المنطقة بؤرة زلازل لأن منطقة شمال خليج العقبة تتميز بموقعها الجيولوجي الخاص وبعد تنفيذ هذا المشروع ستنتقل الطاقة الزلزالية من منطقة البحر الميت إلى الدول الواقعة على الحدود ومن بينها مصر مما قد يعرض المرافق والبني التحتية لسيناء والبحر الأحمر للتدمير.
ومن الآثار السلبية للمشروع على البيئة الطبيعية أشارت الدراسة انها تشمل تلوث المياه الجوفية بسبب تسرب المياه المالحة من القناة فضلاً على التأثيرات البيولوجية السلبية المحتملة حيث تتسبب في وقف حركة الحياة البحرية نتيجة إنشاء أو صيانة مشروعات البنية التحتية وتدمير الشعاب المرجانية بالإضافة إلى نقص حوالي 2 مليار متر مكعب من مياه خليج العقبة والتي سوف تتدفق إلى البحر الميت وب سيؤدي إلى انقراض الكائنات الحية.