وخلال المفاوضات تمسكت مصر والسودان بموقفيهما القائم على ٣ محاور رئيسية، وهى ضرورة قيام دول منابع النيل بالإخطار المسبق للدولتين قبل تنفيذ مشروعات فى أعالى النهر، بالإضافة إلى استمرار العمل بالاتفاقيات القديمة التى تنظم موارد النهر، وبالتالى التمسك بما يعتبرانه «حصتهما التاريخية» فى مياه النهر، وأن يكون نظام التصويت فى حالة إقرار إنشاء مفوضية لدول حوض النيل بنظام الأغلبية المشروطة بمشاركة دولتى المصب.
وأسفر استمرار الخلافات داخل الاجتماع الختامى، الذى انتهى فجر أمس، عن بيان صحفى، أصدرته دول منابع النيل السبع دون الرجوع لمصر والسودان، ذكرت فيه أنها فى طريقها للإعلان عن تبنى إنشاء مفوضية خاصة دون القاهرة والخرطوم، يتم الإعلان عنها خلال عام، ويكون دورها الاستفادة من الموارد المائية للنهر،
فيما رأت مصر والسودان أن توقيع الدول السبع على اتفاقية منفردة يعكس وجهة نظر هذه الدول فقط. وتضمن البيان الصحفى أن اجتماعات شرم الشيخ تعد آخر سلسلة من المفاوضات حول الاتفاقية الإطارية للتعاون منذ بدء إطلاق المفاوضات عام ١٩٩٥، وسط تأكيدات الخبراء المشاركين أن البيان يؤكد أنه لن تكون هناك مفاوضات أخرى فى أديس أبابا يوليو المقبل.
وأعلن الدكتور محمد نصر الدين علام، وزير الموارد المائية والرى، أن جولة شرم الشيخ ليست نهاية المطاف، ولكنها تعد فقط جولة ضمن العديد من جولات التفاوض بين هذه الدول، تليها جولات أخرى.
واعتبر «علام»، فى تصريحات صحفية عقب انتهاء المفاوضات، أن نتائج هذه الجولة لا تشكل أى مشكلة بالنسبة لمصر، مشيراً إلى استمرار تنفيذ المشروعات المصرية فى دول حوض النيل.