وأوضحت الدراسة أن المسلمين لم يمنعوا جلب الأيقونات من خارج مصر إلى الدير، والذى جلب إليه عدد كبير من الأيقونات من مناطق كانت خاضعة للعالم الإسلامى فى ذلك الوقت، كما توفرت لأيقونات الدير الحماية فى فترة تحطيمها التى انتشرت فى القسطنطنية والعالم المسيحى فى الفترة من 726 حتى 843م.
وأشارت الدراسة إلى أن هناك أكثر من 2000 أيقونة صغيرة وكبيرة بالدير، منها مجموعة فريدة ذات قيمة فنية رائعة، وهى محفوظة فى كنيسة التجلى ومعرض الأيقونات وفى الكنائس الصغيرة والملحقة وفى غرف ملابس الكهنة والصوامع وغيرها من الأماكن المتعددة فى الدير وتغطى هذه الأيقونات فترة زمنية طويلة وتنقسم من الناحية التاريخية والفنية لعدة أقسام.
وتتضمن هذه الأقسام أيقونات القرن السادس والسابع الميلادى، والتى تعتبر أقدمها بالدير، وهى المسبوكة بالشمع أوالمثبتة ألوانها بالحرارة، ومن أمثلتها بدير القديسة كاترين أيقونة القديس بطرس، وتنصيب السيدة العذراء بين القديسين والملائكة، والصعود.
أما الأيقونات من القرن السابع حتى التاسع الميلادى، فتعتبر من الأعمال الفنية التى تمت فى معامل محلية للأديرة الشرقية فى مصر وفلسطين وسوريا، وصنعت فى فترة الفتوحات الإسلامية، وتتميز بالسمات الشعبية، وهى تقليد محلى للكنيستين القبطية والسريانية.
وأوضح الآثرى عبد الرحيم ريحان، فى دراسته العلمية، أن أهمية هذه الأيقونات تتمثل فى إسهامها بشكل قاطع فى تشكيل وصياغة الفن المسيحى للأجيال اللاحقة وأمثلتها بدير كاترين أيقونة الصلب، وهناك أيقونات من القرن التاسع إلى الـ12 الميلادى، حيث تمثل أيقونات هذه الفترة خاصيتين متميزتين تنفردان بها. الخاصية الأولى، وهى الفترة التى تلت فترة محاربة الأيقونات وداوموا فيها على الرسم التقليدى الذى كان موجودا قبل عصر محاربتها. أما الخاصية الثانية، فتمثل التحول إلى المفهوم الكلاسيكى الذى يتميز بدقة فى الشكل، ومن بينها عدد كبير أنتجته معامل بيزنطة، وأمثلتها بدير كاترين أيقونات لرؤساء الملائكة، المشاهد الإثنى عشر التى تمثل حياة السيد المسيح وسير بعض القديسين وأيقونة القديس ميركيروس التى تعود للقرن التاسع الميلادى، وهى تصور قتل القديس ميركيروس للإمبراطور جوليان المارق عن الدين.
أما الأيقونات السينائية، فهى مجموعة بالدير يرجع تاريخها إلى الفترة ما بين القرن الثانى عشر والخامس عشر الميلادى، وتمثل شخصيات تاريخية كان لها اتصال مباشر بالدير، وساهمت بدور فعال فى مسيرته الروحانية من رهبان ورؤساء ديروبطاركة و شخصيات لها موضع التقديس مثل نبى الله موسى والقديسة كاترين، ويحتمل أنها رسمت داخل الدير لكى تسجل مختلف المواقف الهامة فى تاريخ حياة الرهبنة.
وتعتبر هذه الأيقونات مصدرا هاما من مصادر التاريخ والفن، ومن أمثلتها أيقونة القديسة فلاهرنيوتيسا من القرن الرابع عشر، وهناك الأيقونات الكريتية التى رسمت بعد العصر البيزنطى، وكان هناك اتصال مباشر بين الدير وأهالى كريت باليونان، خصوصا أشهر الرسامين من الذين ينتمون للمدرسة الكريتية الذين قاموا برسم الأيقونات التى تمثل ما بعد العصر البيزنطى.