في رسالته رقم 54 أكد المجلس الاعلى للقوات المسلحة أنه لا يتدخل في الامور المتعلقة بمحاكمة رموز النظام السابق ، جاء ذلك على خلفية انتشر خبر امكانية العفو عن مبارك ، و قد اعتبر المجلس الاعلى أن ااجراءات خاضعة للقضاء .

و هنا غالط المجلس الاعلى للقوات المسلحة نفسه أو تناسى أن الامر يتعلق بالعفو الذي هو من اختصاص المجلس الاعلى للقوات المسلحة باعتباره القائم بمهام رئيس الدولة استنادا الى المادة 56 من الاعلان الدستوري :

:

( مـــــادة 56 )

يتولى المجلس الأعلى للقوات المسلحة إدارة شئون البلاد، ولـه فى سبيل ذلك مباشرة السلطات الآتية :
1ـ التشريع .

2ـ إقرار السياسة العامة للدولة والموازنة العامة ومراقبة تنفيذها .

3ـ تعيين الأعضاء المعينين فى مجلس الشعب .

4ـ دعوة مجلسى الشعب والشورى لانعقاد دورته العادية وفضها والدعوة لإجتماع غير عادى وفضه .

5ـ حق إصدار القوانين أو الاعتراض عليها .

6ـ تمثيل الدولة فى الداخل والخارج، وإبرام المعاهدات والاتفاقيات الدولية ، وتعتبر جزءاً من النظام القانونى فى الدولة .

7ـ تعيين رئيس مجلس الوزراء ونوابه والوزراء ونوابهم وإعفاؤهم من مناصبهم .

8ـ تعيين الموظفين المدنيين والعسكريين والممثلين السياسيين وعزلهم على الوجه المبين فى القانون، واعتماد ممثلى الدول الأجنبية السياسيين .

9ـ العفو عن العقوبة أو تخفيفها أما العفو الشامل فلا يكون إلا بقانون .

10ـ السلطات والاختصاصات الأخرى المقررة لرئيس الجمهورية بمقتضى القوانين واللوائح .

وللمجلس أن يفوض رئيسه أو أحد أعضائه فى أى من اختصاصاته .

الخوف من كدا الصدام بين الشعب والمجلس

في مقال لخالد دياب ذكر بخوفه من التمثيلات المحتملة