تبعا لما جاء في وصية البابا شنودة بابا الاسكندرية وبطريرك القرازة المرقسية قبل وفاتة عن عمر يناهز 89 عام ...شدد البابا شنودة علي ضرورة دفن جثتة في دير الانبا بيشوي في وادي النطرون بمحافظة البحيرة حيث اكدت المصادر الاخبارية ان القس تاضروس راهب في دير الانبا بيشوي ان البابا كان يحضر اسبوعيا لمدة 3 ايام الي الدير وذلك للصلاة والصوم ومن الجدير بالذكر ان دير الانبا بيشوي مرقد البابا شنودة القادم بعد القاء نظرة الوداع علي جثمانة والموجود الان في الكاتدرائية لاقمة الصلوات والشعائر لوداع البابا شنودة الثالث حيث تم تاسيس الدير في القرن الرابع الميلادي واسسة القديس الانبا بيشوي حيث ستبدا مراسم جنازة البابا ابتداء من غد الثلاثاء