بعدما قرر السد الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية تعين السيد المستشار محمود مكى بمنصب نائب رئيس الجمهورية فقد كان السيد المستشار محمود مكى يشغل منصب نائب رئيس محكمة النقض ورئيسا للجنة المتابعة الخاصة الانتخابات في نادى القضاة وعمل كمنسق لحركة قضاة الاستقلال كما قام بقيادة مظاهرات استقلال القضاء عام 2006 فى عهد الرئيس المخلوع حسنى مبارك فقد كان هو أحد منظمى تلك المظاهرات والتى كانت تطالب وقتها بضرورة بتعديل المادة 76 من الدستور المصري ليصبح اختيار رئيس الجمهورية بين أكثر من مرشح وتعد ابرز المحطات بحياة المستشار محمود مكى هى عندما تم احالته من قبل الرئيس المخلوع حسنى مبارك الى جلس تأديبى لإطلاقه مزاعم علنية عن تجاوزات في انتخابات عام 2005 وقضت المحكمة التأديبية وقتها التى أحيل إليها ببراءته وقد جاء قرار تعين مكى بالمنصب الجديد ضمن عدة قرارات كان على رأسها اقالة اقالة المشير محمد حسين طنطاوى رئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة والذى كان يشغل ايضا وزير للدفاع والانتاج الحربى واقالة نائبه الفريق سامى عنان رئيس اركان حرب القوات المسلحة ونائب رئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة