يقع المتحف القبطي خلف اسوار القلعة الرومانية الشهيرة بابليون في منطقة القاهرة القديمة المسماة مصر القديمة
بدأ تشييد المتحف القبطي أيام الفرس ولكن حدثت عليه العديد من الإضافات في عهد الإمبراطوريين الرومانيين أغسطس وتراجان ثم أضاف إليه من جاء بعدهم من أباطرة الرومان.