اليوم تعرض الشيخ على جمعة لموقف محرج للغاية حيث قام عدد من طلاب الازهر المعارضين له بالتعرض له ولسيارته وقامو برشق السيارة بالحجارة اثناء خروجها من الجامعة بعد انهى محاضرته فى كلية الشريعة وقد تصادف مرور سيارة الشيخ على جمعة مع مسيرة نظمها طلاب جامعة الازهر وقد كان سبب المظاهرة هو التنديد بالاعتقالات التى تمت لاصدقائهم فى الفصل الدراسى الاول وعندما علمو ان السيارة القادمة هى سيارة على جمعة قامو برشقها بالحجارة. وقد تدخل امن الجامعة وجعل السيارة تمر بسلام الى خارج الجامعة دون ان تحدث اى اشتباكات . وتاتى هذا الموقف بعد اعلان الشيخ للمره الثانيه رفضه لما يقوم به الاخوان المسلمين فى مصر واعتبرهم مخريبن فى البلاد يجب التخلص منهم.
يذكر ان الشيخ على جمعة فى الفترة الاخيره قد تدخل فى السياسة بشكل كبير وقد القى محاضرة لقوات الشرطة يحثهم فيها على مواجهة كل من يحاول الاعتداء عليهم وفى هذه المحاضرة قد تحدث وهاجم بشدة جماعة الاخوان المسلمين وهذا ما اثار الكثير من الرأى العام ضده