الأموكسيسيلين يستخدم لعلاج كثير من الأمراض ومنها
التهاب الأذن الوسطى الحاد
التهاب البلعوم
التهاب الرئة
الالتهابات الجلدية
التهابات المسالك البولية
تستخدم كذلك للحيلولة دون وقوع التهاب الشغاف الجرثومي في الأشخاص أصحاب الاختطار المرتفع الذين يعالجون أسنانهم للوقاية دون عدوى العقدية الرئوية عند الذين استؤصل الطحال عندهم. وكذلك للوقاية ولعلاج الجمرة الخبيثة.
يجب استخدامه لعلاج
التهاب الجيوب الأنفية البكتيري مع أن معظم التهابات الجيوب الأنفية سببها فايروسي، والمضادات الحيوية غير فعالة مع الفايروسات...
أحيانا يستخدم الأموكسيسيلين لعلاج العدوى الجلدية مثل
حب الشباب. يستخدم الأموكسيسيلين عادتا لعلاج حالات حب الشباب التي لم تستجيب لمضادات حيوية أخرى مثل الدوكسيسيكلين والمينوسايكلين.