اختفى وائل غنيم، منذ يوم جمعة الغضب، 27 يناير 2011 الساعة السادسة صباحاً بعد أن كان قد أعلن في حسابه على تويتر عن مشاركته في مظاهرة 25 يناير. ونشر على تويتر صورة له وهو يشارك في المظاهرات.
وفي اليوم لاندلاع الاحتجاجات تم اعتقاله أو اختطافه من قبل أشخاص يرتدون زياً مدنياً وساقوه خلف مجموعة من عساكر الأمن المركزي. ولم تعترف السلطات بأنها قامت باعتقاله رغم الجهود التي بذلتها أسرته إضافة إلى شركة غوغل، ثم بدا أن النظام لم يقو على مقاومة الضغوط الشعبية الشبابية في هذا الشأن فخرج رئيس الوزراء الجديد أحمد شفيق ليعد بسرعة الإفراج عنه. وحتى يثبت مصداقية الحكومة في فتح باب الحريات وعدم القبض على من يعبر عن رأيه. وفعلاً تم الإفراج عنه يوم الاثنين 7 فبراير 2011 م بعد أن قضى 12 يوماً في السجن وهو معصوب العينين.
وفي 31 يناير، أكد أخوه، د. حازم، الاختفاء وأنه (حازم) على تواصل مع گوگل.
وائل غنيم بعد الافراج عنه في 7 فبراير 2011.
وفي 7 فبراير 2011 تم أفرجت السلطات المصرية عن وائل غنيم بعد إعتقاله لمدة 12 يوم في مقر مباحث أمن الدولة، وجاء قرار الإفراج بعد الضغوط الشعبية والحملة التي بدأتها مجموعة گوگل العالمية، وشارك فيها الشباب المصري والمؤسسات الإعلامية المستقلة وبعض المؤسسات الحقوقية.
ولدى خروجه من السجن أدلى بتصريح قال فيه: "أولاً أعزّي كل المصريين بالذين توفوا, وأنا أعتذر لهم وأقول لهم لم يكن أحد بيننا يكسّر. نحن كلنا كنا في مظاهرات سلمية وكان شعارنا (لا تكسّر). أريد أن أقول أيضاً أرجوكم لا تجعلوا مني بطلاً أنا مجرد شخص كان نائماً اثني عشر يوماً والأبطال الحقيقيون هم الموجودون في الشارع وأتمنى أن تلقوا الضوء عليهم. أنا الحمد لله بخير وإن شاء الله سنغيّر بلدنا, وكلنا بيد واحدة لتنظيف بلدنا".