وانقسمت الصحافة ووسائل الإعلام السودانية في معالجتها للأزمة، حيث كان من بينها من ساند مصر واعترف بحدوث إعتداءات بحق بمواطنيها في شوارع الخرطوم، ومنهم من وجه إنتقادات حادة لإعلامها بعد إشارته بأصابع الإتهام للأمن السوداني الذي لم يوفر الحماية الكافية للمواطنين المصريين.
وشنت كاتبة سودانية في مقال لها هجوماً عنيفاً على الإعلام المصري، بعد فتح قنواته للقادمين من السودان يرون قصص مروعة عن الذي دار في شوارع الخرطوم.
وقالت الكاتبة سارة عيسى في مقالها بصحيفة "سودانايل" "لقد عكس المصريون العائدون إلى بلادهم تجارب مريرة تصلح كفيلم سينمائي يُمكن تسميته "خلف خطوط الأعداء."
كما سخرت من ريهام سعيد مذيعة قناة "المحور" الفضائية، والتي أكدت بعد عودتها إنها اضطرت لكي تخلع قميص منتخب مصر وتلقي بعلمها وتسير بقطعة ملابس قصيرة للغاية، حتى لا ينكشف أمرها أمام الجماهير الجزائرية وتتعرض للقتل.
وقالت عيسى في مقالها " هناك مصرية تنكرت بزي عارية حتى لا يفتك بها الجزائريون، وأنا هنا أعيب على شرطة أمن المجتمع تقاعسها عن أداء دورها المنوط بها، فإن كان لبس البنطال يخدش قيم الحياء والذوق العام، فإن من تسير عارية بين الجمهور تستحق تتلقى عقوبة الجلد تعزيراً، فما ذنب المواطن السوداني أن يرى هذا المنظر حتى ولو كان السبب هو التخفي من محاربي الصحراء ، فكان يمكن لهذه السيدة أن تتنكر في زي منقبة أو أن ترتدي الثوب السوداني، لكن ماذا نفعل إذا كان التعري هو الحل الأنسب والمتاح في حالة الخوف؟"
وقالت الكاتبة في ختام مقالتها "لقد فشلت مصر إعلامياً في إدارة حملتها ضد الجزائر ولم يتبقى لها من الحاضر سوى الإعتزاز ببناء الإهرامات.
وكان وزير الخارجية المصري أحمد أبو الغيط قد استقبل السفير السوداني في مصر بداية الأسبوع الجاري، وذلك من أجل إبلاغه شكر مصر العميق للمجهودات التي قامت بها دولته في حماية الجماهير المصرية هناك قبل وأثناء وبعد إنتهاء اللقاء.