جاء ذلك خلال مداخلة عبر القمر الصناعى مع قناة الجزيرة عقب جلسة المجمع أمس، حيث طرح عمارة سؤالين قائلا: لماذا لم تكن بمصر فتنة طائفية قبل مجئ البابا شنودة؟ ولماذا ليست هناك مشكلة فتنة طائفية إلا مع البابا شنودة فى الكنيسة الأرثوذكسية بالرغم من من وجود طوائف أخرى مثل الإنجيلية والبروتستانتية والكاثولوكية؟ مشيرا إلى أن القضية ليست قضية بيشوى، فالذى قاله بيشوى من طعن فى القرآن هو نفسه ما قاله البابا شنودة فى كتابه "المسيحية والقرآن". وبسؤاله هل تدعى أن البابا شنودة سبب فى إثارة الفتنة الطائفية؟ أجاب بنعم أكثر من مرة، مشيرا إلى أن ذلك هو مشروع البابا منذ عام 48.
وأضاف عمارة أن البابا شنودة أكد فى حوارات عديدة له أنه يلوى ما سماه عنق الآيات القرآنية، ويشهد للعقيدة المسيحية كما فعل بيشوى، واصفا ذلك بأنه فكر مؤسسى وليس خطأ وقع فيه بيشوى..
وحول سؤال عن كيفية تدارك الأزمة، قال: أن تعود الكنيسة إلى رسالتها الروحية وأن يندمج الأقباط فى مؤسسات الدولة فتحل مشاكلهم مع مشاكل الأغلبية، وألا يكون هناك اختراق من الغرب ومحاولة لتفتيت وحدة مصر لتكون مجتمعا طائفيا كلبنان والعراق. واتهم عمارة "رخوة الدولة" بأنها جعلت الكنيسة دولة فوق الدولة.